После Второго Удара всё, что остаётся от Японии — это город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских существ, стремящихся уничтожить человечество, и называемых ]. Синдзи Икари , до этого не видевшийся с отцом восемь лет, получает от него телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штаб-квартиру «Nerv», организации, противостоящей Ангелам. Для борьбы с Ангелами «Nerv» используют гигантских роботов, называемых Евангелионами. Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01 и работа в команде с пилотом ] Рей Аянами .